Miyazaky nacque il 5 gennaio 1941 a Tokyo. Nonostante la guerra, la sua infanzia trascorse tranquilla, grazie ad una famiglia agiata. Suo padre possedeva infatti una fabbrica di componenti per gli aerei (che diventarono una delle sue passioni). Una tubercolosi spinale colpì la madre, che nel 1947 venne ricoverata in ospedale, dove rimase nove anni (probabilmente Il mio vicino Totoro contiene riferimenti anche a questa vicenda).
Durante l’adolescenza negli anni ‘50 Miyazaki, da sempre appassionato disegnatore, fu conquistato dalla scoperta dei manga e degli anime. Dopo la laurea in Scienze Politiche ed Economia conseguita nel 1963, Miyazaki entrò a far parte dello staff dei disegnatori nella importante società della Toei (all’interno della quale incontrò la sua futura moglie). Il suo primo importante contributo lo diede proponendo un miglior finale per il film Gariba no uchu ryoko (1965) (in inglese Gulliver’s Travels Beyond the Moon).
Alcuni anni più tardi assunse l’importante ruolo di animatore capo e di concept artist (colui che crea personaggi e gli scenari) per Horus: Principe del Sole (Taiyo no oji: Horusu no daiboken), film animato diretto da Isao Takahata: era l’inizio di una collaborazione che sarebbe durata nel tempo. Nel frattempo pubblicava il manga La tribù del deserto (Sabakuno Tami), negli anni 1969-70.Nel 1971 Miyazaki passò, insieme ai colleghi Isao Takahata e Yoichi Otabe, alla A-Pro; per questo studio, insieme a Takahata diresse alcuni episodi (7,8,10,11,13~23) della prima serie di Lupin III.
Nel 1973, Miyazaki e Takahata iniziarono la collaborazione con lo Zuiyo Pictures, lavorando ad alcune serie animate relative al famoso progetto World Masterpiece Theater, una serie animata creata ogni anno traendo spunto dai più famosi libri per bambini di tutto il mondo. Furono affidati a lui il progetto e l’organizzazione di scena (sovente con Takahata quale regista) in Heidi (Alps no Shōjo Heidi) del 1974 (da un racconto svizzero); Marco - Dagli Appennini alle Ande (Haha o Tazunete Sanzen-ri) del 1975 (una delle storie narrate nel libro Cuore); Anna dai capelli rossi (Akage no Anne) del 1979 (Canada). Fu animatore chiave di Rascal, il mio amico orsetto (Araiguma Rasukaru) del 1977 (tratto da un racconto statunitense).
Del 1978 è la serie animata Conan, il ragazzo del futuro (Mirai Shōnen Konan), molto famosa in Italia. Di essa fu regista, character designer, curatore delle scenografie e degli storyboard.
Nel 1979 diresse il suo primo lungometraggio, Il castello di Cagliostro (Rupan Sansei - Kariosutoro No Shiro), il secondo tra i film dedicati a Lupin. Di Lupin III diresse ancora due episodi (145,155) della seconda serie tv nel 1980.
Dalla RAI venne cofinanziata la serie Sherlock Holmes (Meitantei Holmes) di cui diresse 6 episodi nel 1982.Nel 1982 la rivista Animage iniziò la pubblicazione del manga Nausicaä della Valle del Vento (Kaze no tani no Nausicaä) disegnato esclusivamente da Miyazaki e riuscì a convincere l’artista a sceneggiare e dirigere un film tratto dal manga. Prodotto da Takahata per lo studio Topcraft, l’anime Nausicaä della Valle del Vento, uscì nelle sale nel 1984.
Il successo ottenuto dal film permise al regista di fare il grande salto: fondare uno studio di produzione proprio. Nel 1985, da Miyazaki e Takahata nacque lo Studio Ghibli (dal nome dell’aereo italiano della Seconda Guerra Mondiale, tratto a sua volta da Ghibli, vento caldo del Sahara), luogo in cui i due registi si sarebbero potuti esprimere con la libertà che la loro creatività richiedeva e con le necessarie coperture finanziarie.
Il primo lungometraggio dello studio vide la luce nel 1986: Laputa: il castello nel cielo (Tenkū no Shiro Laputa) che narrava dell’avventura di due ragazzi, sulle tracce di una misteriosa e magica isola fluttuante nel cielo, (lo spunto fu la città di Laputa, descritta da Jonathan Swift ne I viaggi di Gulliver).
Nel 1988, mentre Takahata portava a termine Una tomba per le lucciole Miyazaki presentò Il mio vicino Totoro (Tonari no Totoro), poetica favola moderna sull’incontro di due bambine con un essere magico chiamato Totoro (la cui sagoma fu poi scelta come logo dello Studio) premiata come miglior film dell’anno in Giappone.
Nel 1989 con Kiki consegne a domicilio (Majo no Takkyubin) iniziarono i successi al botteghino, nel paese del Sol Levante. Con essi l’ingrandimento dello Studio, la produzione di diversi film d’animazione, assunzioni permanenti di collaboratori, l’aumento dei costi e dei rischi: tutto questo ebbe come conseguenza un aumento delle politiche di marketing da parte dello Studio Ghibli.
Nel 1992 Miyazaki portò a termine Porco Rosso (Kurenai no Buta), il cui titolo rimaneva in italiano anche nelle altre lingue: esso narrava le avventure di un uomo dal volto di maiale, leggenda dell’aviazione italiana all’inizio degli anni ‘30.
In questi anni il regista divenne spesso anche sceneggiatore, produttore e responsabile di molti altri processi, nei propri film e in altri prodotti da Ghibli: produsse il film di Takahata Ricordi a catinella (Omohide Poro Poro) del 1991; collaborò al soggetto di Heisei Tanuki Gassen Pon Poko, di Takahata, uscito nel 1994; l’anno successivo fu sceneggaitore e produttore di Se ascolti con attenzione… (Mimi o Sumaseba), la cui regia era affidata a Yoshifumi Kondo, sempre all’interno dello Studio.
Dopo alcuni anni di lavorazione uscì nel 1997, Principessa Mononoke (Mononoke Hime) che batté ogni record di incassi in Giappone e collezionò numerosi premi. Era un film che inscenava il difficile rapporto tra l’uomo e la natura (e tra gli uomini stessi), il suo lato violento e quello armonioso, all’interno di un atmosfera mistica popolata di dei ed era ambientato in Giappone nel Periodo Muromachi (1333-1568).
In quest’occasione Miyazaki affermò di volersi dedicare ad altri ruoli all’interno dello Studio Ghibli, lasciando la regia ai giovani autori nel frattempo cresciuti alla sua scuola. Ritornò però presto dietro la macchina da presa e nel 2001 usciva La città incantata (Sen to Chihiro no kamikakushi) che in patria ripeté l’ormai consueto rituale di successi presso la critica e il pubblico, ma lo stesso avvenne nel resto del mondo (tra i premi vinti l’Orso d’Oro al Festival di Berlino e l’Oscar 2003 per il migliore lungometraggio di animazione).
Nel 2004 Miyazaki ha partecipato alla 61a Mostra di Venezia col suo ultimo film, Il castello errante di Howl (Howl no Ugoku Shiro), tratto da un libro di Diana Wynne Jones. Nel 2005 è stato insignito alla Mostra di Venezia del Leone d’Oro alla carriera.
Miyazaki stabilì un proficuo sodalizio anche con Joe Hisaishi, il compositore di numerose colonne sonore (e degli album "derivati") dei suoi film.
